Odjel za kemiju voda, sediment i otpad sastavni je dio Službe za zdravstvenu ekologiju. Uloga ovog Odjela je praćenje fizikalnih, fizikalno-kemijskih, kemijskih i organoleptičkih parametara u:
svim tipovima vodoopskrbnih objekata (vodozahvat, vodosprema i mreža) vodama iz javnih i privatnih objekata (cisterni, bunara, bušotina, brodskih tankova i raznih drugih spremnika vode) vodama iz originalne ambalaže (mineralne, izvorske i stolne vode)
Djelatnost odjela uključuje praćenje kemijskih i fizikalnih parametara:
u površinskim vodama (rijeke, jezera, izvori) i moru na plažama u sezoni kupanja bazenima (za kupanje, rekreaciju i rehabilitaciju) praćenje utjecaja onečišćenja s kopna na more (ekološke studije, monitorinzi), te praćenje kemijskih pokazatelja sedimenta.
Odjel ispituje fizikalne i biološke pokazatelje u otpadnim vodama, te kemijski sastav otpada. Odjel prati organoklorne pesticide i PCB u namirnicama (uključujući vodu za piće).